Das DI ist der säkularen Tradition seines Namensgebers verpflichtet, des russisch-jüdischen Historikers Simon Dubnow (1860–1941), der als kultureller Mittler zwischen ost- und westeuropäischem Judentum wirkte. Jüdische Geschichte wird am DI stets im Kontext ihrer nichtjüdischen Umgebung betrachtet und als Seismograf allgemeiner historischer Entwicklungen verstanden. Die Forschungsarbeit am DI ist in die drei Forschungsressorts »Politik«, »Recht« und »Wissen« untergliedert. Sie orientiert sich an einer methodisch erneuerten Politik-, Rechts- und Diplomatiegeschichte, an der Migrations- und Wissenschaftsgeschichte sowie an dem klassischen Kanon der Geistes- und Ideengeschichte und bezieht Fragestellungen der material culture, der Transfer- und Restitutionsgeschichte ein.